Hudební obor poskytuje žákům nejen základní povědomí o hře na konkrétní hudební nástroje, ale v dlouhodobém horizontu přináší i pokročilé znalosti konkrétních stylů, období nebo specializovaných technik. Zapojuje žáky do nejrůznějších souborů, orchestrů, kapel nebo pěveckých sborů a v rámci této aktivity se žáci účastní tuzemských i zahraničních zájezdů, reprezentují školu při nejrůznějších společenských a kulturních událostech a zapojují se do muzikálů a velkých koncertů, které škola pořádá v Klatovech a v blízkém i vzdáleném okolí.
V rámci činnosti hudebního oboru Základní umělecké školy J. Kličky se žáci učí hře na klavír, housle, violu, violoncello, kontrabas, zobcovou flétnu, příčnou flétnu a barokní příčnou flétnu, klarinet, saxofon, trubku, pozoun, baryton, lesní roh, tubu, bicí nástroje, akustickou a elektrickou kytaru, basovou kytaru, akordeon, keyboard, a varhany. Nabídku školy dále doplňuje možnost výuky sólového zpěvu.
V rámci činnosti hudebního oboru Základní umělecké školy J. Kličky se žáci učí hře na klavír, housle, violu, violoncello, kontrabas, zobcovou flétnu, příčnou flétnu a barokní příčnou flétnu, klarinet, saxofon, trubku, pozoun, baryton, lesní roh, tubu, bicí nástroje, akustickou a elektrickou kytaru, basovou kytaru, akordeon, keyboard, a varhany. Nabídku školy dále doplňuje možnost výuky zpěvu sólového nebo sborového.
Výuka hry na nástroj probíhá individuální formou nebo ve skupině dvou až tří žáků a činí zpravidla 1 vyučovací hodinu týdně. Povinným předmětem pro 1. - 5. ročník I. stupně studia je hudební nauka v týdenní dotaci jedné vyučovací hodiny. Další povinně volitelné předměty jsou pak komorní hra, hra v souboru, hra v orchestru, klavírní doprovod, komorní zpěv, sborový zpěv. Realizují se obvykle v počtu jedné až tří vyučovacích hodin týdně a žák si je volí po domluvě s pedagogem hlavního oboru dle svého zaměření a zájmu.
Další možnost rozvoje hudebního myšlení a chápání přináší jazzová improvizace, kterou škola nabízí pro potřeby dalšího rozšíření vzdělání starších žáků. Některé hudební nástroje (obzvláště pro začínající malé hudebníky) je možné zapůjčit ve škole, a to po dohodě s konkrétním vyučujícím a na základě volných kapacit školy.
Další možnost rozvoje hudebního myšlení a chápání přináší jazzová improvizace, kterou škola nabízí pro potřeby dalšího rozšíření vzdělání starších žáků. Některé hudební nástroje (obzvláště pro začínající malé hudebníky) je možné zapůjčit ve škole, a to po dohodě s konkrétním vyučujícím a na základě volných kapacit školy.